"清朝的興起和對天山南北的統一奠定了近代中國國家西北疆域的基礎。建省之舉則使新疆同內地行政建制一致起來，清朝對新疆的治理以及引起的社會變革也是歷史上極為空前的。   
    清朝是繼元朝后由少數民族——滿族創建的又一個全國性的統一的朝代。同時也是中國歷史上最后一個封建集權王朝。1644年清朝建立之初，清朝使臣同當時控制天山南北各地軍政事務的察合臺汗后裔進行聯系，哈密、吐魯番等地的察合臺汗后裔表示臣服，并派遣使臣前往內地朝貢，兩地關系和睦，經濟交流不斷。至東察合臺汗國后期，察合臺汗后裔爭權奪利，內訌迭起，伊斯蘭教和卓干預汗國政事，導致政局更加動蕩。1680年，白山派首領阿帕克和卓引導蒙古準噶爾首領噶爾丹部眾南下，推翻東察合臺汗國，天山南北各地皆處在準噶爾部貴族統治之下。   
    準噶爾是西蒙古(一稱厄魯特，明代稱瓦刺)四部(其他三部是杜爾伯特、和碩特、土爾扈特)之一部，明末清初，已經發展成為四部之首，在兼并其他各部勢力范圍之后，力量逐漸強盛起來。隨著東察合臺汗國的覆沒，其軍事實力更是大增，在這種情況下，噶爾丹違背國家統一的趨勢，在獨霸天山南北之后，多次向清朝挑釁，欲同清朝分庭抗禮。為了維護清朝的統治，康熙、雍正和乾隆皇帝多次派兵討伐，1690年，康熙皇帝親率大軍于烏蘭布通大敗噶爾丹，1755年清軍又征伐達瓦齊獲勝，為此在昭蘇縣格登山上立紀功碑。不久，西蒙古的阿睦爾撒納再度起兵反叛，并占領了伊犁，清軍于1756年攻占伊犁，平定了阿睦爾撒納之亂。至此，清朝終于徹底平息了騷擾西北邊疆安全的準噶爾割據政權的叛亂。   
    準噶爾割據政權統治期間，曾經扶持伊斯蘭教“白山派”勢力以維護其對南疆地區的政治統治。清朝平定準噶爾割據政權后，依然繼續讓大、小和卓(大和卓波羅泥都、小和卓霍集占)管理天山南路各地事務，企圖借助他們的社會影響來進行統治。殊不知和卓勢力作為一個十分守舊落后的社會政治集團，實際上是一股嚴重妨礙天山南北各地社會穩定的分裂勢力。因此，當大、小和卓依靠清朝政府的威望，達到控制南疆各地事務的目的之后，便于1757年公開舉起反叛的旗幟，他們殺死清軍首領阿敏道以及所屬官兵100多人，在該地恢復了白山派的政教合一統治，公然同清朝作對。大、小和卓倒行逆施的行動引起各族人民的強烈反對。1758年，清朝出兵再平大、小和卓叛亂。翌年，清軍攻占天山南麓諸城，大、小和卓之亂一舉平定。清朝大體完成了天山南北各地之統一。清政府開始在各地置官立府，行使中央政府對天山南北各地的管轄治理，1762年始設伊犁將軍管理西域諸地軍政事務，府治駐惠遠城，伊犁因此成為當時清朝統治天山南北的政治中心。全疆各地軍政事務則分設都統、參贊、辦事、領隊大臣進行管理。西域與內地的軍政體制基本一致，國家的統一局面得到進一步的加強。   
    清朝對天山南北各地的政治統一，順應了包括西域各族人民在內的全國人民渴望結束分裂、要求實現國家統一的愿望和時代發展趨勢，是自秦漢以后兩千多年來西域諸地與祖國內地統一關系的發展和必然的歸宿，體現了新疆歷史過程中政治經濟文化發展的內在要求和客觀規律。